Sekans Hayvan Sağlığı Laboratuvarı (SHSL), hayvan hastalıklarının laboratuvar tanısı için iki temel yöntem kullanmaktadır;

1.Hastalığa neden olan etken veya etkenlere ait genetik materyalin tespiti (Moleküler Teşhis).

2.Etkene karşı oluşan özgül antikorların tespiti (Serolojik Teşhis).

Moleküler Teşhis Ünitemiz, klinik numunelerinde hastalık etkenlerine ait nükleik asit varlığının tespiti için, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), Revers Transkriptaz-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ve Real Time RT-PCR teknolojilerini kullanmaktadır.

PCR/RT-PCR/Real Time RT-PCR, klinik örneklerde mikrobiyal ya da viral patojenleri saptamaya yönelik mevcut hızlı yöntemlerin en hassas olanıdır.

Özellikle laboratuvar ortamında kültüre edilmesi güç ya da uzun süre alan spesifik patojenlerin tespitinde, PCR yöntemi kayda değer bir kolaylık sağlamaktadır.

Laboratuvarımızda, kan, organ, doku, dışkı, vücüt akıntısı, sıvıları ve sürüntüsü, süt ve sperma gibi  çok çeşitli numuneler PCR analizleri için kullanılmaktadır.

PCR analizi; DNA veya RNA ekstraksiyonu, hedef dizinin amplifikasyonu ve oluşan amplikonların görüntülenmesi gibi basamaklardan oluşmaktadır.

DNA/RNA Ekstraksiyonu; normal olarak hastalık etkenlerine ait nükleik asitlerinin çıkartılması işlemidir.

Ekstraksiyon aşamasında elde edilen DNA 

Amplifikasyon; hedeflenen DNA/RNA dizisinden, bir çeşit "in vitro çoğaltma" ile birden fazla özdeş kopya oluşumu anlamına gelmektedir. Üç aşamadan oluşmaktadır:

1. Denatürasyon aşamasında DNA molekülünün çift zincirli yapısı yüksek ısı yardımıyla (94 °C-98 °C) birbirinden ayrılır.

2. Bağlanma aşaması 40°C-65°C aralığında gerçekleşir ve primerlerin tek zincirli DNA üzerinde kendi eşleri olan bölgelere bağlanırlar.

3. Uzama aşaması 72 °C’de gerçekleştirilir ve DNA polimeraz enziminin fonksiyonu ile, oluşan ürünün uzaması sağlanır.

Bu işlem genel olarak 25 ile 40 döngüde tekrar edilerek, başlangıçtaki DNA dizisinden milyonlarca yeni DNA ürünü oluşur.

Amplifikasyon için Master Mix hazırlanması

 

Hazırlanan Master Mix'e kalıp DNA'nın eklenmesi

 

Amplifikasyon için örneklerin Termal Cyclere yerleştirilmesi

 

Amplikonlarının tespiti; Oluşan DNA ürünleri elektriksel akımı olan bir jel içerisinde büyüklüklerine göre ayrılabilirler. DNA fragmanların elektroforezi için genellikle agaroz ya da poliakrilamid jel kullanılmaktadır.

 

Farklı primerler ile yapılan PCR ve elektroforez jel görüntüsü

 

Pozitif ve Negatif kotnroller eşliğinde pozitif ve negatif bulunan örnekler

 

DNA tabanlı yöntemler hayvan hastalıklarının tanısında özellikle aşağıda sayılan mikroorganizmaların tespitinde büyük kolaylık sağlamaktadır:

-Chlamydia türleri, Rickettsia türleri ve virüsler gibi suni üreme ortamında üremesi zor ya da imkansız olan organizmalar. 

-Mycobacterium gibi yavaş üreyen veya hastalığın belirli aşamalarında bulunan ve bazı örneklerde az sayıda mevcut olan mikroorganizmalar. 

-Laboratuvar ortamında üretilmesi tehlikeli olan veya özel koşullar gerktiren organizmalar.

PCR yöntemi ile herhangi bir acil hayvan hastalığı vakasında kan, doku, dışkı ve benzeri örneklerden bir gün içerisinde tanı koyamak mümkün olabilmektedir.

Bazı hastalıklara karşı yaygın aşılama yapılmasından dolayı serolojik teşhis ile hızlı tanı her zaman mümkün olmayabilir. Antikor oluşumunun daha önceki bir vakadan dolayı oluşu ve hastalığın erken klinik dönemlerinde antikor yanıtının gelişmemiş olması ihtimali de vardır.                                          

Moleküler teşhis yönteminin sayılabilecek avantajlarından diğeri ise,  genetik materyalin çoğaltılmasına dayalı olduğundan hedeflenen mikroorganizma canlı olmasa bile tespiti mümkündür.

Bütün bunlarla birlikte PCR yönteminin hayvan hastalıklarının tanısı için uygulanması, bu alanda uzmanlık ve  tecrübe gerektirmektedir.

SHSL, iki yılı aşkın sürede hayvan hastalıklarının teşhisinde DNA tabanlı hatırı sayılır test ve araştırma gerçekleştirmiştir. Bu süreçte Mikrobiyoloji, Viroloji ve Moleküler Biyoloji alanında uzmanlıkları ile PCR, RT-PCR ve Real Time RT-PCR teknolojisinin uygulanması ve geliştirilmesinde eşsiz bir tecrübeye sahip olmaktadır.

Moleküler teşhis yöntemlerinden daha fazla yarar sağlanılması ve geliştirilmesi için uzman personelimiz bilgi ve tecrübelerini paylaşıma her zaman açıktır.